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La région d'ASCLME montre une grande diversité de la vie. On l'estime que moins de 50% de cette biodiversité a été décrit (donné un nom scientifique formel). Certaines des espèces plus bien connues incluent: Le coelacanthe
 Bien que les fossiles de coelacanthe trouvés datent de plus de 410 millions d’années, cette espèce de poisson était présumée disparue jusqu’à ce que le premier spécimen enregistré des temps modernes soit découvert près d’East London, en Afrique du Sud en 1938. Depuis lors, au moins 191 coelacanthes péchés ont été rapportés, la plupart autour des îles des Comores. Les scientifiques ont découvert que le poids moyen du coelacanthe était de 80kg, qu’ils pouvaient atteindre jusqu’à 2 m de long et pouvaient vivre jusqu’à 80 à 100 ans. Le coelacanthe a des nageoires doubles et arrondies qui bougent de la même manière que les animaux à quatre pattes bougent leurs membres. Leurs oreilles ont des zones sensorielles qui sont des précurseurs des structures responsables de l'ouïe à l'air libre. C'est pourquoi beaucoup de scientifiques pensent que les coelacanthes sont susceptibles d'être liés aux ancêtres des premiers vertébrés terrestres. (Pour plus d'information, visitez le programme africain d'écosystème de Coelacanth)
Le dugongPrésents dans les eaux d’au moins 37 pays, le dugong est un animal turgescent, gris et fuselé qui se propulse dans l’océan lentement en utilisant une queue similaire à celle des dauphins et des nageoires ressemblant à des pagaies. Il s’agit du seul mammifère marin se nourrissant principalement de plantes, et qui dépend particulièrement des prairies sous-marines pour sa subsistance. Le dugong est quasiment sans poil, possède un nez émoussé, de petits yeux et aucune oreille externe. Son museau est particulièrement replié avec des poils rigides et courbés, une adaptation pour balayer et manœuvrer la nourriture. Le dugong est listé par l’union mondiale pour la nature comme une espèce vulnérable à l’extinction. Il a été chassé pendant des milliers d’années pour sa viande et son huile et bien qu'il soit désormais protégé juridiquement dans beaucoup de pays, la population mondiale continue de baisser rapidement en raison de la chasse, de la dégradation de l’habitat et d’interactions souvent fatales des dugongs avec les filets de pêche. Bien que les données disponibles soient limitées, des études aériennes indiquent que les dugongs sont une espèce disparue aux Seychelles, à l’île Maurice et en Tanzanie. Il existe un petit nombre de dugongs (jusqu’à 100) au large de Madagascar et du Mozambique, mais seulement sept ont été recensés au large du Kenya. Les tortues de merLes espèces de tortues de mer qui existent aujourd’hui se sont distinguées de toutes les autres tortues il y a au moins 110 millions d’années, en faisant l’un des plus ancien reptile. Cinq des sept espèces de tortues se trouvent dans l’ASCLME : La tortue verte (Chelonia mydas mydas), la tortue caouanne (Caretta caretta), la tortue olivâtre (Lepidochelys olivacea), la tortue imbriquée (Eretmochelys imbricata) et la tortue luth (Dermochelys coriacea). Toutes ces espèces ont des nageoires en forme de palmes et des carapaces fuselées pour nager dans l’eau, leurs couleurs variant entre le jaune, le vert et le noir selon les espèces. Les tortues de mer peuvent vivre jusqu’à 100 ans, et la tortue luth, la plus grande des tortues de mer, peut atteindre plus de deux mètres et peser plus de 900kg. Toutes les espèces de tortues de mer sont menacées ou en danger. La pollution marine, l’usage de filets de plage par les hommes, la prise accidentelle de tortues pendant les opérations de pêche et la demande croissante de viande de tortue, d’œufs, d’huile et de carapaces, tout cela contribue au déclin de la population mondiale des tortues.
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